Частина одноклітинних еукаріот живиться гетеротрофно, інша – автотрофно.
У гетеротрофних одноклітинних еукаріот при тваринному способі клітина захоплює тверді часточки їжі (перетравлює їх у цитоплазмі або в особливих органелах — травних вакуолях); при грибному способі клітини можуть поглинати лише розчинені органічні речовини(всмоктують їх всією поверхнею). Автотрофне живлення в одноклітинних еукаріот відбувається виключно завдяки фотосинтезу.